Hyperdimension Neptunia è un RPG molto particolare nel quale le console di gioco vengono rappresentate in forma di divinità e CPU (Console Patron Units) che è possibile personalizzare a livello estetico e migliorare dal punto di vista dello stato. I giocatori, nei panni di Neptunia, dovranno intraprendere una grande avventura volta a salvare, insieme agli amici CPU (Console Patron Units).
In questo secondo capitolo torneremo a vestire i panni di Neptunia e compagne, questa volta per salvare le nostre sorelle maggiori, ovvero le 4 CPU, dalla criminale Arfoire.